Câu thành ngữ “Bắc Bổ Đà - Nam Hương Tích” lưu truyền trong dân gian qua nhiều thế kỷ cho thấy nơi đây là một trong hai đạo tràng Quán Thế Âm lớn ở miền Bắc nước ta. Nếu như chùa Vĩnh Nghiêm (huyện Yên Dũng) là trung tâm lớn nhất, chốn Tổ quan trọng của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử thì chùa Bổ Đà (huyện Việt Yên) là trung tâm Phật giáo lớn thứ hai ở tỉnh Bắc Giang, phần nhiều cũng chịu ảnh hưởng mạnh mẽ của Thiền phái này.

Tương truyền, chùa Bổ Đà có từ thời Lý, khoảng thế kỷ thứ XI. Vào thời vua Lê Dụ Tông (1720-1729) đã được tu tạo lớn. Đầu thế kỷ XVIII, niên hiệu Bảo Thái (1720 - 1729), trụ trì chùa Bổ Đà là Phạm Kim Hưng đã tiến hành trùng tu, mở mang khu di tích và phát triển nơi đây trở thành một Trung tâm Phật giáo lớn theo Thiền phái Lâm Tế. Theo một số nhà nghiên cứu, dòng Thiền Lâm Tế truyền vào nước ta từ cuối thế kỷ XVII, gắn liền với tên tuổi Thiền sư Chuyết Công (Chuyết Chuyết), người Trung Hoa.

Chùa Bổ Đà chịu ảnh hưởng của Thiền Lâm Tế từ chùa Hà Trung (Huế), chùa Phật Tích và chùa Bút Tháp (Bắc Ninh) trên cơ sở Phật giáo Thiền tông được duy trì từ trước đó. Đây là một cụm di tích có kiến trúc độc đáo và khác biệt so với các ngôi chùa truyền thống ở miền Bắc Việt Nam, đó là lối kiến trúc ‘‘nội thông ngoại bế”, được bao bọc bởi hệ thống rặng tre xanh tốt, hệ thống tường trình đất như một chiến lũy bảo vệ vững chắc, tạo vẻ u tịch, linh thiêng. Tổng thể cả chùa được chia thành 5 đơn nguyên kiến trúc chính, gồm chùa Tứ Ân, am Tam Đức, chùa Cao, vườn Tháp và Ao Miếu. Ngôi chùa như một bảo tàng kiến trúc mang phong cách nghệ thuật đan xen giữa thời Lê Trung Hưng (thế kỷ XVIII) và thời Nguyễn (thế kỷ XIX).

Nơi đây hiện còn bảo lưu được nhiều di vật, cổ vật gắn liền với lịch sử của di tích, trong đó, tiêu biểu nhất là kho mộc bản với 1.935 mộc bản kinh Phật, hệ thống tượng thờ bằng gỗ (hơn 40 pho) có niên đại thời Lê Trung Hưng (thế kỷ XVII - XVIII) và thời Nguyễn (thế kỷ XIX - XX)… Khối tài liệu này có giá trị trên nhiều mặt khẳng định lịch sử của cổ tự Bổ Đà trong từng giai đoạn phát triển của lịch sử dân tộc. Chùa Bổ Đà còn có Vườn Tháp cổ lớn nhất và có tính kế thừa lâu nhất trong các ngôi cổ tự ở Việt Nam.